Ngày 29 tháng 9 năm 1179, vài nhà quý tộc đã đặt phản Giáo hoàng Innocent III lên thay thế.

Sử dụng sự sáng suốt tài chính Alexander III đã quay trở lại nắm quyền. Năm 1181, ông ra vạ tuyệt thông Guillaume I của Ecosse và cấm vương quốc Ecosse không được giao thiệp với ông này.

Ít lâu sau thượng hội đồng, nước cộng hòa Rôma đã cưỡng bức Alexanđê III phải rời thành phố và ông đã không bao giờ trở lại đó nữa. Người ta cho rằng, ông bị dân chúng đuổi khỏi La Mã và chết tha hương, như số phận của nhiều Giáo hoàng khác.